苏州是吴门医派的发祥地，人文荟萃，名医辈出，吴门医派对祖国医学的发展作出了不可磨灭的贡献。肩负着传承吴门医派历史重任的苏州市中医医院创建于1956年，经过六十多年的发展，现已成为一所医疗、教学、科研相结合的综合性中医医院。目前是全国示范中医医院和三级甲等中医院、南京中医药大学苏州附属医院、上海中医药大学、安徽中医药大学联合培养研究生基地、国家药品临床研究基地单位。吴门医派研究院、苏州市中医学会、苏州中医药博物馆设于本院。
医院科室齐全，设有内科、外科、骨伤科、肛肠科、妇科、生殖医学科、儿科、针灸科、推拿科、皮肤科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、口腔修复科、男性科、急诊科、重症监护室、110/120急救站以及治未病服务科、体检中心、药学部、放射科、检验科、功能检查科、病理科等。骨伤科是卫生部临床重点专科建设项目以及国家中医药管理局临床重点专科，脾胃病科是国家中医药管理局临床重点专科，中医妇科和临床药学分别为国家中医药管理局临床重点专科建设项目和培育项目，呼吸科、肿瘤科和肛肠科为江苏省中医药局临床重点专科，心血管内科、针灸科、泌尿外科、风湿科、内分泌科分别是苏州市中医临床重点专科和苏州市重点学科。中药临床药学实验室为国家中医药科研二级实验室。中医特色显著的重点专科专病不仅受到苏州地区广大群众的欢迎，而且还在省内以及周边省、市具有广泛的影响。
医院现有职工1200多名，拥有享受国务院特殊津贴专家、“全国老中医药专家学术经验继承工作”指导老师、江苏省名中医、江苏省名中西医结合专家、江苏省“333工程”培养对象、“全国优秀中医临床人才研修项目”培养对象、“江苏省中医药领军人才培养对象”、苏州市“姑苏卫生领军人才”、苏州市医学重点人才以及南京中医药大学、上海中医药大学、安徽中医药大学博士研究生、硕士研究生导师。一大批杰出人才以其精湛的医术，高尚的医德，继承发扬了吴门医派的文化特色和医学人文精神，树立起了医院的品牌形象。
在苏州市委、市政府以及市卫生局等部门的领导和支持下，2010年底苏州市中医医院已整体搬迁至沧浪新城，新医院已于2011年初正式启用。新中医院总投资为5.16亿元，占地面积60多亩，总建筑面积89000平方米，开放床位805张，年门急诊量已达159万人次以上，医疗设备先进，医疗设施达到国内领先水平。医院的建筑充分体现了中医特色、地方风貌和现代气息，融合了苏州古典园林造园艺术的中药植物园，更增添了医院浓厚的中医文化氛围。2015年11月，根据《苏州市医疗卫生设施布局专项规划（2011～2020）》，经市政府同意，市发改委批复了市中医医院二期建设项目，规划用地面积4562平方米，总建筑面积约为8.67万平方米，新增床位500张，将是一座现代化的内科急诊综合大楼。建成后，医院总床位将达到1200张，二期项目投资估算约6.22亿元，预计2019年投入使用。
新中医院将一如既往地坚持为广大市民提供中医及中西医结合的基本医疗服务和急诊、急救服务，并开展以中医中药为主的调养、康复和以中医传统特色疗法为手段的特需医疗服务，以满足广大市民的不同需求。在新的征程中，苏州市中医医院全体医务人员将继承和发扬吴门医派学术精华和文化特色，坚持“以病人为中心”，以一流的技术、一流的服务，为人民的健康事业作出更大的贡献。