扬州市妇幼保健院始建于1951年的苏北妇幼保健院，1954年更名为扬州市妇幼保健院，1969年并入扬州市人民医院，1973年恢复市妇幼保健院建制，1982年在国庆路395号现址重建开诊，1996年与市妇幼保健所合署，市红十字医院、市计划生育指导所先后并入，2009年成为扬州大学医学院附属医院，2010年被省卫生厅确认为三级甲等妇幼保健院，是扬州地区唯一的集医疗、保健、教学、科研、社区服务等功能于一体的三级甲等妇幼保健专科医院。
　　医院占地面积2.5万平方米、建筑面积4.8万平方米；设一级科室45个，二级科室48个；设置床位450张（实际开放380张）。现有职工772人，其中硕士、博士研究生48人、副高以上职称人员144人。医院专科特色明显，妇科为“江苏省妇幼健康重点学科”，产科、计划生育科、儿童保健科为“江苏省妇幼健康重点学科建设单位”，新生儿科为“江苏省新生儿急救中心扬州市妇幼保健院协作中心”，乳腺科、放射科、药事科、儿科、营养科、小儿骨科、医学检验科、麻醉科、医学影像科等14个科室为市级临床重点专科（建设单位）。现辖“扬州市医学遗传中心”“扬州市危重孕产妇救治中心”“扬州市新生儿救治中心”“扬州市儿童保健中心”4个市级区域性中心，配套建有OICU、NICU，拥有全市唯一的新生儿专用急救转运车。开展29项遗传代谢病筛查、无创DNA产前检测、染色体芯片检测、无痛分娩、水中分娩、宫（腹）腔镜、单孔腹腔镜、PICC、动静脉同步换血、脐静脉插管、亚低温治疗等产儿科诊疗项目。
　　近年来，医院围绕妇幼卫生工作方针，服务全生命周期，强化质量内涵建设，先后与上海市红房子妇产科医院、江苏省妇幼保健院、南京市儿童医院、中日友好医院等单位建立协作关系，组建横向、纵向医联体，成为扬州市妇幼保健联合体龙头单位。通过常态化坐诊、实施导师制、成立工作室等措施上挂下联，医院医疗保健水平、服务能力不断提高，先后获得全国百家优秀爱婴医院、国家级出生缺陷干预救助基地、全国“流产后关爱”优质服务示范单位、国家PAC区域示范医院、全国孕期营养课堂项目优秀承办单位、国家级“基层预防艾滋病、梅毒和乙肝母婴传播工作优秀集体”、首批“江苏省分娩镇痛技术培训基地”、江苏省母婴友好医院等荣誉称号。2017年，荣立江苏省妇幼健康服务工作“集体二等功”。
　　作为市级公立医院，医院坚持“母亲安全儿童优先”的办院宗旨，重视精神文明和医学人文建设，紧紧围绕“建成保健与临床相融合，群众满意、员工幸福、社会信赖的妇幼保健院”的发展目标，不断深化“求精求新求实求诚”的医院精神，服务水平不断提升，在江苏省三级医疗机构第三方满意度测评中，综合满意度连续多年位列扬州市各家医院前列，多次获得江苏省文明单位、江苏省卫生行风先进集体、江苏省“群众满意的医疗卫生机构”、基本公共卫生服务工作先进单位、价格诚信单位、绿色生态医院、优质护理服务先进单位及“白求恩杯”竞赛优胜单位等荣誉称号。
　　2016年9月，扬州市人民政府常务会议决定：结合市儿童医院新建和市妇幼保健院迁建，按照三级专科医院标准，在广陵新城158亩地块上，新建“扬州市妇女儿童医院”。作为扬州市域内唯一的三甲妇幼机构，医院将紧紧围绕市委市政府“健康中国·扬州样本”和“优生之城”建设要求，把群众满意作为医院发展的首要任务，围绕全生命周期，为广大妇女儿童提供优质、安全、高效的医疗保健服务，为家庭幸福安康、社会和谐稳定作出新的更大的贡献。