海安县中医院于1981年选址兴建，1983年4月独立建院。建院初期仅有46名职工、20张床位。建院以来，在党的改革开放方针和新时期卫生工作方针的指引下，在县委、县政府和各级卫生主管部门的正确领导下，在社会各界的关心支持下，医院建设得到了长足的发展，1994年8月成为二级甲等中医院；1997年8月成为国家级爱婴医院；2007年11月成为南京中医药大学教学医院；2009年11月，医院与新疆伊宁市维吾尔医院缔结“友好医院”，进行对口支援。2013年1月7日成为三级乙等中医医院。
医院现有占地面积25290.24m2，建筑面积29555m2。其中业务用房建筑面积24392m2，占82.5%。主要建筑物有门急诊楼、综合病房楼和医技楼。医院现有职工547人，其中，卫生技术人员475人，占职工总人数的87%。卫生技术人员中，高级职称89人，中级职称138人。全院从事临床的执业医师136人，其中中医类别执业医师82人，占60.3%。剔除口腔科、产科、麻醉科执业医师人数，中医类别执业医师占68.3%。医院有享受国务院特殊津贴者1名，省名中医4名，市名中医5名，省“333”工程人才1名；市县级中青年技术拔尖人才7名;市医学领军人才1名，医学重点人才1名。
医院编制床位400张，设有11个病区、一个综合手术室；有17个一级临床科室（内科、外科、骨伤科、妇产科、儿科、针灸科、肛肠科、康复科、推拿科（含小儿推拿）、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、肿瘤科、麻醉科、急诊科、感染性疾病科、重症医学科）；其中针灸科为全国第二批农村医疗机构中医特色专科（专病）建设单位、江苏省中医重点专科建设单位；骨伤科、针灸科、脾胃病科、脑病科为南通市中医重点专科；心病科为南通市中医重点专科建设单位；有肛肠科、儿科、肾病科等县级中医重点专科9个；有糖尿病、胆石症内病外治、甲状腺病、脾胃病、肝胆病、肾病、椎间盘突出症、男性不育症、风湿病、肛肠疾病等30多个具有中医特色优势的专科专病，有医技科室8个（药学部、医学影像科、医学检验科、病理科、手术室、输血科、营养科和功能检查科），一个健康体检中心。医院有东芝核磁共振、医用直线加速器、移动式C型X光机、六排螺旋CT、CR、DR、数字胃肠X光机、电子腹腔镜、电子关节镜、电子胃（肠）镜等大中型医疗设备。