北京同仁医院亦庄院区（即同仁医院南区）是北京同仁医院的三大直属院区之一，北京市A类医保定点医院(医保就诊不受医院限制)。三种特殊病种（肾移植后服用抗排异药、血液透析以及恶性肿瘤门诊放化疗）医保医院。
北京同仁医院亦庄院区于2004年5月开业，是亦庄地区规模最大、科室设置最齐全、设备最先进的医院，也是北京东南区域唯一的三级甲等医院，可满足社会医疗保险及其他各种医疗需求。
北京同仁医院亦庄院区一期占地5万平方米，有4层门诊楼和9层病房楼，600张住院床位，二期3万平米正在规划中。院区绿化率达53.8%，景色优美，具有良好的诊疗、康复环境。新院区采用现代化的管理、人性化的服务模式、发挥百年同仁雄厚的医疗、科研、人才优势、立足开发区，面向北京及周边地区，为广大客户提供优质的医疗和保健服务。
北京同仁医院亦庄院区是一家现代化的大型综合医院。除眼科、耳鼻咽喉—头颈外科、心血管科等传统重点项目外，内科（呼吸、消化、肾内、内分泌、血液风湿）、外科（普外、神外、胸外、泌尿外科、骨科）、神经内科、妇产科、儿科、皮肤科、中医科、口腔科、体检中心等一应俱全，移植中心、肿瘤中心、疝疾病诊疗中心、妇儿疾病治疗与保健中心、家庭医学中心、颌面创伤中心等特色中心体现专科特色，全方面满足患者综合治疗和保健需要。同时，根据市场需求，医院不断增设新的服务项目，陆续开设足踝矫治中心、睡眠中心等新型特色项目，更多贴近百姓的医疗项目也在规划中。
为了满足就诊者多样化需求，病房服务分为三个规格，有三人标准间（24元/床/天）、一人标准间、豪华套间。所有床位均设有电话、网络接口、所有房间（含三人间）均设有独立卫浴间。医院采用现代化的物业管理手段完善各项服务。设有餐饮、超市，满足就诊者多方面生活需求。地上160个、地下190个停车位也能满足更多客户开车前来就医的需求。
北京同仁医院亦庄院区位于开发区核心区，紧邻凉水河，交通顺畅。现有723、732、324、运通115、976区间、小35、小4等多条公交线路经过。其中723路直连同仁医院崇文门院区，从开发区核心区出发途经亦庄商业中心，最后开往八王坟的976区间、开往海淀区的运通115路、732路均在医院门前设站，每10分钟一趟，方便大家就医。同时，医院还开通了崇文门院区到同仁南区的对开班车，开发区区内免费班车，进一步方便大家就医。
北京同仁医院亦庄院区的建设需要全社会的参与和支持，为了提供社会需要的优质的医疗保健服务，使医院与社会资源更有效的结合与利用，希望社会各界为同仁医院经济技术开发区院区建设提供宝贵建议与资源支持！