上海市中医医院创建于1954年，2005年成为上海中医药大学非直属附属医院。是一所中医特色浓厚、临床科室齐全、医学人才汇聚，集医、教、研为一体的三级甲等综合性中医医院。
医院设有上海市名老中医诊疗所和上海市中医中西医结合专家诊疗所两个专家诊疗中心，云集以国医大师、全国名老中医学术思想继承班导师，上海市名中医为代表的70余位上海中医界最高水平的专家为病人服务。
医院开放床位530张，临床科室设置齐全。医院现拥有卫生部国家临床重点专科3个；国家中医药管理局重点学科2个；国家中医重点专科6个；上海市优势专科2个；上海市中医特色专科5个；国家重点专科协作组组长单位1个；上海市重要薄弱学科1个；上海市中医新兴前沿交叉学科1个；上海市中医培育专科5个；国家中医药管理局重大疑难疾病中西医协作试点项目1个；上海市传统医学示范中心1个和上海市中医预防保健示范单位1个。神志病科、儿科、脑病科、肿瘤科、疼痛科、骨伤科、耳鼻喉科、风湿病科、外二科、心病科、脾胃病科、妇科、肝科、肛肠科、护理、医学影像学科、康复科等临床科室优势明显。
医院坚持鲜明的中医特色，中药饮片使用在全市中医院位居第一；开设专科专病门诊118个。开展“冬病夏治”、“冬令进补”等中医特色工作。医院合理配置医疗设备，引进一批先进的现代化仪器设备，如MRI、64排128层CT、DR、CR、DSA、大型生化仪、聚焦超声刀、主动康复设备等为患者提供保障。年门急诊人次达193万余，年出院人次23000余人。
医院以师承教育为平台，培养新一代中医“名医”。医院有全国名老中医药专家传承工作室5项、上海市名中医工作室7项、上海市名老中医学术经验研究室7项、上海中医药大学名中医工作室5项、国医大师、全国名中医传承工作站4项，院级老中医工作室5项。医院拥有全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师3人、上海市名中医7人、海市海派中医流派传承人才培养项目导师5人，享受国务院特殊津贴12人。加大人才培养力度，近年来，获得上海市领军人才，上海市浦江人才等荣誉。具有正副高级职称171人，博士后合作导师2人、博士生导师16人、硕士生导师88人。医师中硕博比达71.2%、护理人员大专以上学历达95.15%。
上海市中医药研究院中医儿科研究所设在我院，与上海市中医药研究院老年病研究所合作成立中医老年病转化医学研究中心、与上海市中医药学会合作成立上海名老中医学术经验研究中心，以此和院级研究所（室）为平台，提高中医药科研能力。医院共承担国家自然基金、国家中医药管理局、国家教育部等各类各级别科研项目多项，拥有国家中医药管理局三级实验室，是国家食品药品监督管理局GCP基地。
医院积极探索区域性中医医疗联合体的建设模式，以上海市中医医院为龙头，以辖区内其他各级医疗机构为依托，成立静安中医联合体。提升区域中医整体水平，探索解决广大市民“看中医专家难”的问题。为百姓提供优质中医服务。
医院蝉联上海市文明单位、爱国卫生先进单位等称号，以“服务百分百，医患零距离”的服务理念，创新思路，积极探索，在全国率先推出全程自助服务为特点的“门诊一站式”付费服务模式，简化就医流程，便民利民，深受广大老百姓好评。
2017年5月，嘉定区委区政府和申康医院发展中心签署合作备忘录，明确在嘉定新城东区按650张床位规模进行设计建设，总建筑面积112000㎡，建造上海市中医医院嘉定新院。该项目于2019年11月已正式通过市府常务会议审议，项目建设书于近日下达。标志着上海市中医医院嘉定新院项目已正式进入实施阶段。
2019年11月，为持续推进静安区养老事业发展，完善静安区积极应对人口深度老龄化的公建配套设施建设，实施静安老年健康中心项目。该项目选址位于上海市静安区86号地块，总用地面积15890㎡，总建筑面积90500㎡，新建市中医医院门诊部。
医院以两区三院为契机，全面提升重大、疑难复杂病的临床诊治和研究水平，以“顶层设计、分步实施、逐步腾挪”为总原则，以联动协调发展为总要求，以立足上海市、辐射长三角为总定位，以“做特做优、做强做大”为总目标，建设成为中医特色优势鲜明、疑难病症诊治能力突出、学科建设水平领先、具备综合医疗保障能力和临床科技创新能力、具有差异化核心竞争力的三级甲等现代化中医医院。