北京大学口腔医学院是全国重点高等院校附属三级甲等专科医院，实行口腔医院、口腔医学院、口腔医学研究所三位一体的管理体制，系国家级口腔医学中心。
2001年,为缓解人民群众看牙病难及配合北京市的申奥工作,北京大学口腔医院在北京市奥运村中心地区设立了第二门诊部，法人代表为徐韬院长，性质为国有非营利性，执行与北京大学口腔医院统一的医疗质量管理制度和收费标准，为北京市基本医疗保险定点专科医疗机构。
北京大学口腔医院第二门诊部现有各级专家和医师51人，护技69人，行政及辅助人员20人，诊疗场所面积2000平方米，42台口腔综合治疗椅。设有口腔正畸科、修复科、牙周科、牙体牙髓科、口腔综合治疗科、牙种植门诊等临床科室，除了开展洗牙、补牙、拔牙、牙齿矫正、镶牙等常规治疗外，还开展牙种植、隐形舌侧正畸、全瓷冠修复等与国际接轨的先进治疗项目。作为北京大学-香港大学牙周专业临床培训中心，第二门诊部在牙周病诊治领域具有丰富的经验和较强的技术支持。第二门诊部成立7年来共诊疗30余万人次，无一例医疗事故，现日均门诊量300人次。
北京大学口腔医院第二门诊部可以电话预约看牙时间，无须早起排队挂号，开诊时间为早8：00－晚6：00，周六、日全天门诊，适合不愿因为看牙耽误上班和孩子学习的居民。
北京大学口腔医院第二门诊部承诺执行最严格的消毒管理措施，确保一人一机，杜绝乙肝，爱滋病等传染性疾病交叉感染的可能。